O Município de Salto de Pirapora foi fundado por lavradores e operários comandados por Antônio Maximiano Fidélis (popularmente conhecido como "Antonio Fogueteiro") e por Felício Lencione. Apesar da descrença de seus companheiros, no dia 24 de junho de 1906 fizeram a primeira prece no local e demarcaram onde seria a sede do município.
Lavradores e operários das caieiras (fornos de cal) se reuniam nas redondezas daquelas primeiras casas ainda não alinhadas e festejavam São João com fogueiras, mastro e reza ao ar livre. O promotor da reza era o Fogueteiro auxiliado pelo comerciante Antônio Góes, sendo o seu estabelecimento o ponto de reunião. Como em toda parte, não faltava a Santa Cruz.
Fogueteiro, Felício Lencione e João de Góes capinaram o terreno onde hoje está a Igreja Matriz e levantaram um mastro com uma bandeira do santo precursor. Rezaram e soltaram fogos. Fogueteiro dizia, entre risos e zombarias dos mercadores e outros presentes: "aqui ainda vai ser uma cidade!". No ano seguinte, foi construída a primeira capela local (onde hoje está a Igreja Matriz) por João de Góes, que ainda ofertou uma imagem de São João Batista à pequena igreja. O santo, desde então, foi adotado como padroeiro do município.
No dia 6 de outubro de 1907, o Padre Luiz Sicluna celebrou a primeira missa na capela com a presença de todos que moravam no pequeno povoado e que ajudaram na construção da ermida. Mais tarde, o mesmo padre convocaria aqueles que ajudaram a erguer a capela para edificarem a Matriz, que funciona até os dias de hoje.
Em 1911, Salto de Pirapora foi elevada à vila e incorporada como distrito do município de Sorocaba pela Lei nº 1.250, de 18 de agosto de 1911, que criava o Distrito de Paz pertencente à comarca de Sorocaba.
No ano de 1912, João Almeida Tavares foi nomeado o primeiro tabelião do distrito. Nesse mesmo ano, apareceram os primeirosCarros de boi que puxaram o progresso do pequeno povoado, pois por meio deles eram transportadas madeira e produtos da agricultura local, como o arroz, algodão, feijão e batata para outras regiões.
Em 1922, organizou-se uma comissão para construir a Igreja Matriz, sendo o seu chefe o coronel Manoel Ferreira Leão, que, ao lado de sua esposa e tendo como auxiliares Silvino Dias Batista, Belarmino de Cerqueira César, David Teixeira, Balduino Antunes de Oliveira, Pedro dos Santos e João Brizola de Almeida, levaram a cabo a empreitada seguindo a planta do arquiteto e padre Luiz Sicluna.
A tão batalhada emancipação chegou em 1953, através de um plebiscito no qual votaram os 657 eleitores que ali residiam. Desses, 475 votaram a favor do desligamento político da vila, 174 votaram contra e 4 votaram em Branco, além de 4 votos nulos. Finalmente, no dia 30 de dezembro daquele ano, Salto de Pirapora se eleva à categoria de Município pela Lei Estadual 2.456/1953.
No dia 1 de janeiro de 1955 instalou-se o município com a posse da primeira gestão do Executivo e Legislativo locais. Agenor Leme dos Santos foi o primeiro prefeito e Vicente Leme dos Santos o vice. Os nove primeiros vereadores foram Alexandre de Góes Vieira (Didi), Amarílio Vieira de Proença (Lalau), Ariovaldo Rodrigues Simões, Durvalino Shuerman de Barros, Gentil Areias, Izidoro Gomes de Almeida, Lázaro Ferreira dos Santos, Newton Guimarães e Roberto Marcello.
Hoje, o município é um dos principais pontos de extração mineral do país, sendo informalmente elevada à "Capital do Calcário". Abriga unidades de extração de empresas do Grupo Votorantim, Grupo Adher, GMIC, Massari Mineração, entre outras.
Na zona rural do município encontra-se uma das mais importantes comunidades quilombolas remanescentes do país, o Cafundó.